南水北调工程管理体制总体框架分为３个层次：
第一层次：成立国务院南水北调工程项目领导小组，国务院总理任组长，有关部门、省?直辖市政府负责同志为成员。领导小组下设办公室，办公室依托在水利部，负责日常工作。领导小组的主要职能是制定南水北调工程建设、运行的有关方针和政策，负责协和决策工程建设与管理的重大问题。
第二层次：按照政企分开、建立现代企业制度的要求，由中央政府授权的出资人代表和地方政府授权的出资人代表共同组建有限责任公司，作为项目法人，负责主体工程的筹资、建设、运行、管理、还贷，依法自主经营。在这个公司中，中央资本金大于沿线各地共同出资，实现中央控股。
第三层次：工程沿线各省?直辖市?组建地方性供水?股份?公司，作为项目法人，负责其境内与南水北调主体工程相关的配套工程建设、运营与管理，以及境内南水北调工程的供水与当地水资源的合理调配。
规划中的南水北调工程管理体制创新明显不足，一方面受到传统的计划经济思想的影响，另一方面也受到当前国有企业改革的阶段性成果的限制，难以与社会主义市场经济体制的大环境相融合。
宏观调控设计的三个弱点
先来看政府的宏观调控方面，成立国务院南水北调工程领导小组显然是因循了三峡工程模式，虽然这种管理体制模式在现阶段看来对东线、中线工程是必要的，但南水北调工程规划仍然比照三峡工程建设与管理来设计中央政府对南水北调工程的宏观调控作用是值得商榷的。最明显的弱点在于政府未让市场发挥基础的调节作用，而市场的基础调节作用则是市场经济体制的最明显的特征。在水资源配置方面，只强调国家制订和水资源配置方案，统一调度水量的权力，没有考虑如何通过市场配置水资源的问题。南水北调中线、东线工程的用水的真实需求究竟有多大，这是一个谁也无法较为准确地回答的问题，因为迄今为止南水北调工程供、用水双方从未作为平等的经济主体签订过有关供、用水的合同，也就是说有效的用水需求从没有确认过。当然，规划建议中央政府要求沿线省?直辖市?政府对所分配的水量做出承诺，但这仍然是通过行政手段分配水量的思维。在建设资金的筹集方面，过分强调政府的作用，忽略了市场的基础调节作用。南水北调主体工程东线第一期工程中线第一期工程静态投资为１２４０亿元，拟通过中央预算内拨款或中央国债、南水北调基金和银行贷款三个渠道筹集，比例为２０：３５：４５。南水北调基金通过提高现行城市水价筹集。这种通过无偿的强制性征收建设基金的方式是计划经济体制下国家重点工程典型筹资方式，如三峡建设基金、铁路建设基金和电信建设基金?电话初装费?等。通过银行贷款筹集的建设资金大部分通过延长征收南水北调基金偿还?，其资金来源绝大部分很可能是由少数几家大的国有银行供给，国有银行又变相成为国家财政的出纳。南水北调建设资金筹集方案中基本上没有考虑到利用资金市场。
宏观调控作用设计中的第二个弱点是单纯强调政府的权利，而没有规定政府的责任，如：只强调政府对水资源的统一调度的权利，而对协调防汛与抗旱关系、干旱缺水时期改变供水优先顺序、生态环境保护用水等给南水北调主体工程带来的经济损失如何补偿的问题却根本没有涉及。这正是在计划经济体制条件下水利工程成本费用长期得不到及时补偿、工程普遍老化失修的主要原因之一。
宏观调控设计中的第三个弱点是默认现在国家对水资源管理的一些不合理或不尽合理的政策。在南水北调工程总体规划及南水北调水价分析研究报告都默认现行水价政策是基本合理的，适合于未来的南水北调工程的水价管理，因此，对于水价的分析确定，只侧重于研究水价结构和计算水价水平，而对合理的水价的确定程序和供、用水及有关各方面在水价形成中的地位和作用等水价形成机制的重要内容基本未加分析和研究。实际上，现行的水价审批制不能合理地确定水利工程供水价格，一是因为由于信息不对称的原因，很难准确地核定水利工程供水成本费用和判断用户的承受能力。二是价格决策权集中在极少数几个人手中，他们自由裁量权大，又不承担不合理定价的后果。我国水利工程的水价长期普遍偏低，可以说是水价审批制的直接后果。
相对于我国绝大多数水利工程管理单位仍然是国有事业单位的现实来说，组建中央政府和沿线各省?直辖市?政府共同持股的负责主体工程建设运营的有限责任公司似乎是一种制度创新。但这也不过是照搬我国国有企业改制的通行模式而已。
南水北调主体工程运营机构设定为企业，其理由不充分。南水北调工程具有公益性和经营性双重功能，经营性功能表现为供水，而公益性功能主要表现为防洪和生态环境保护，特别值得注意的是，南水北调工程的根本目的是改善和修复北方地区的生态环境。考虑到南水北调工程公益性功能具有的重要战略地位，将它作为非营利项目才是正确的选择。国外一些类似项目的经验也证明了这一点，如著名的美国加州“北水南调工程”中的中央河谷工程和州调水工程都为非营利项目。企业从本质上来说是以营利为目标的经济组织，既然南水北调主体工程并不是为营利而兴建，其运营机构就不宜确定为企业。
现行南水北调工程规划中将主体工程运营机构设计为有限责任公司，并认为它是具有现代企业制度特征的企业。众所周知，现代企业制度的核心是能够保证在所有者和经营者之间建立具有制衡关系的法人治理结构。规划中的南水北调主体工程的有限责任公司不过是又一个新建的国有巨型企业?其资本金全部来源于中央政府拨款和由地方政府向广大用水户无偿征收的专项建设基金?，只是采取了有限责任公司形式。由于中央政府的资本金大于地方资本金的总和，在一股独大的情况下，公司的股东会必然由中央政府派出的股东代表控制，股东会和董事会很难做到民主决策；另外，由于中央政府和地方政府将分别推荐董事会和经理层人选，董事会和经理层将在很大程度上交叉任职，代表所有者利益的董事会和经理层之间不能形成制衡关系。
南水北调工程是优化我国水资源配置的重大战略性基础设施，是事关中华民族子孙后代的千秋伟业。因此，南水北调工程管理体制的设计必须要有战略的超前的眼光。
尽快明确南水北调项目领导小组的职能
在南水北调工程建设期间，国务院南水北调工程领导小组在宏观调控方面应当处于核心地位。当务之急是要尽快明确南水北调工程领导小组的职能，在职能的设计上应该突出服务和协调的作用，而不是突出行政命令的作用；应该突出市场在配置资源方面的基础性作用，而不是规定政府利用行政手段直接配置资源；应该强调政事分开的原则，而不是规定政府可以插手运营机构可以承担的事务。
为适应较为完善的社会主义市场经济体制，国务院南水北调工程领导小组的主要职能在于以下三个方面：其一、牵头制订或修改所有有关南水北调工程建设和运营的政策。凡是现行政策没有的，予以创立；凡是现行政策不明确的，都应重新予以明确；凡是不适应将来市场经济体制的政策，都应予以修改。其二、协调工程建设中可能遇到的问题。但这些需要协调的问题应先由直接负责南水北调建设的机构或沿线地方政府先予以报告，只有在他们认为这些问题自身确实解决不了而按规定必须由领导小组给予帮助时，领导小组才出面协调。其三，组建南水北调工程建设和运营机构，并为之争取授权。授权的主要内容有：１?授权与地方供水机构签订供水服务合同，包括供水量的确认、供水服务方式，水价核定条款、水费收交办法等；２?授权设计、建设、运营主体工程及其相关供水设施；３?授权出售长期建设债务，取得建设资金。采取此种方式筹集建设资金的理由是：一方面这是一种适应市场经济筹资方式，能够有更多的民众和法人机构?不局限于受益区?理解和支持南水北调工程；另一方面，这种筹资方式能够降低工程的筹资成本，因为建设债券的利息率可以低于商业银行贷款利率，在国家规定债券利息收入免交个人所得税的条件下，筹资成本将更低。上述授权的内容有的将由国务院直接授权，有的还可能要提请全国人大授权。
南水北调主体工程的建设和运行管理机构应该本着决策权与执行权相分离的原则设立，其决策机构为董事会，其执行机构为一个非营利的经济组织，如中线工程的执行机构可称为南水北调中线工程供水服务局。董事会由中央有关部委?如水利部、国家环境保护总局等?、沿线各供水区派代表组成，另外还应该有一定数量的专家代表。中央有关部委的代表由各有关部委采取公开竞争的方式选拔产生；各供水区的代表由各供水区的人民代表大会选举产生；专家代表由国务院推荐。董事会的权力包括：聘任供水服务局的领导层，审议批准供水服务局的财务预算方案、决算方案；决定供水服务局的工程维修和更新改造计划；决定供水服务局的人员工资水平，决定供水服务局的员工人数，审核南水北调干线各出水口水价。另外，董事会还有权监督供水服务局的供水服务质量、财务状况。南水北调工程供水服务局为一纯粹的执行机构，是南水北调工程全部资产的法人，负责发行南水北调工程建设债券，筹集建设资金；与沿线各地方供水公司签订长期供用水服务合同，具体负责整个南水北调工程的建设和运行；负责南水北调工程的维修和更新改造。将决策机构和执行机构分设，董事会将承担决策的责任，决策失误时未表示反对意见的董事将承担相应的责任；供水服务局若未能有效地执行董事会的各项决议或搞好供水服务，其领导层将承担相应的责任。
由于董事会成员是各方面利益的代表，因此，董事会决策的科学性、民主性将远远高出现在国有企业；又因为决策权和执行权的严格分离，董事会和供水服务局之间将形成有效的制衡关系，足以克服水利工程供水单位目前普遍存在的供水服务效率不高，人员数量和成本缺乏有效约束的现象。
至于南水北调工程地方供水机构，不应简单地要求各省?直辖市?统一成立供水公司，而应由各省?直辖市?按照南水北调工程供水区组建供水公司，这些公司可以是新成立的，也可以是由原有地方供水机构改造而来的。这些公司是南水北调供水的客户，相对于用水户来说，他们又是供水批发商，由它们与南水北调工程供水服务局签订长期的供水服务合同。为了合理有效地配置当地的水资源，最好能将供水区内原有的水源工程统一交由这些公司经营。
（水利部经济调节司黄秋洪）
